Saksan sotilaallisen tilanteen heikennyttyä ja Suomen rauhantunnustelujen tultua tietoon antoi Hitler syyskuussa 1943 yleisohjeen valmistautumisesta osittaiseen vetäytymiseen Pohjois-Suomesta, jos Suomi irrottautuisi sodasta. Vetäytymistä tulisi merkittävästi vaikeuttamaan se, että Ruotsi oli heinäkuussa 1943 lopettanut saksalaisten joukkojen kauttakulkuliikenteen alueensa kautta.
Keväällä 1944 aiheuttivat suomalaisten rauhanneuvotteluyritykset Neuvostoliiton kanssa Saksassa suurta närkästystä. Huhtikuussa kiellettiin aseiden vienti Suomeen. Vientikielto purettiin osittain hyvinkin nopeasti ja kokonaan kesäkuussa Neuvostoliiton suurhyökkäyksen alettua.
Elokuussa saksalaiset pitivät petoksena presidentti Rytin eroamista ja suomalaisten luopumista presidentin omissa nimissään tekemästä sopimuksesta. Tästä huolimatta Saksa jatkoi ase- ja viljatoimituksia Suomeen lopulliseen välirikkoon asti.
Suomalaisten asemaa rauhanneuvotteluissa vaikeutti kysymys saksalaisten asemasta Suomessa. Neuvostoliitto oli asettanut ennakkoehdoksi aselevolle sen, että saksalaisten oli poistuttava maasta 15.9.1944 mennessä. Sen jälkeen oli suomalaisten riisuttava aseista vielä maassa olevat saksalaisjoukot ja luovutettava ne liittoutuneille. Kun Suomen ja Neuvostoliiton välinen aselepo oli 4.9.1944 astunut voimaan, alkoivat Lapissa itärajalle ryhmittyneet saksalaiset joukot irtautua rintamasta.
Välirikko entisen aseveljen kanssa sujui aluksi ilman merkittäviä välikohtauksia. Etelä-Suomessa olleet saksalaiset joukot poistuivat maasta määräaikaan mennessä. Samoin poistui Saksan lähetystö Helsingistä. Saksalaiset kuitenkin miinoittivat perusteellisesti käytössään olleen keskeisen Porin lentokentän estääkseen neuvostoliittolaisia käyttämästä sitä saksalaisten meritse tapahtuvia evakuointikuljetuksia vastaan. Myös muita järjestöjä ja yhdistyksiä lakkautettiin lähinnä poliittisista syistä.
Suomalaiset ja saksalaiset sopivat aluksi myös Pohjois-Suomessa olleiden saksalaisten joukkojen vetäytymisaikataulusta, Vetäytyminen tapahtui kuitenkin välirauhansopimuksen ennakkoehtojen mukaan liian hitaasti ja Neuvostoliitto puuttui tähän 14.9. hyvin voimakkaasti.
Suomalaisten onneksi saksalaiset tekivät 15.9. epäonnistuneen maihinnousuyrityksen suomalaisten hallussa olleelle Suursaarelle. Saarella ja sitä ympäröivällä merialueella käytiin kiivas saksalaisille huomattavia tappioita aiheuttanut taistelu. Suomalaiset saattoivat nyt perustellusti vakuuttaa toteuttavansa sopimuksen ehtoja.
Pohjois-Suomessa jatkui kuitenkin saksalaisten ja suomalaisten eräänlainen valesota kummankin puolen turhien tappioiden välttämiseksi. Saksalaiset vetäytyivät ja suomalaiset alueelle keskitetyt joukot etenivät sovitun aikataulun mukaisesti. Suomalaiset hyväksyivät myös eräiden siltojen tuhoamisen, jotta suomalaisten hidas eteneminen voitaisiin ymmärtää. Neuvostoliiton jatkuvan painostuksen johdosta ei tällainen yhteistoiminta voinut jatkua pitkään.
Suomen etu vaati välirauhansopimuksen ehdotonta noudattamista. Suomalaiset katkaisivatkin kaikki sotilaalliset yhteistoimintasuhteet saksalaisiin syyskuun lopulla 1944. Suomalaisten joukkojen yllättävä maihinnousu saksalaisten hallussa olleeseen Tornioon 1.10.1944 aloitti laajemmat sotatoimet suomalaisten ja saksalaisten joukkojen välillä. Lapin perusteelliseen tuhoon johtanut sota oli nyt todellisuutta.