Medan kriget pågick mognade ett beslut i senaten om att alla som deltagit i de rödas verksamhet skulle sakenligt förhöras, åtalas och dömas. Grunden för åtal skulle förutom våldshandlingar och andra brott vara att man ställt sig upp mot den lagliga överheten samt landsförrädiskt samarbete med ryssarna.

Då kriget var slut hade regeringens trupper ca 80000 röda fångar, bland dem många kvinnor. Fångarna släpptes inte hem, utan de blev tvungna att vänta på en särskild rättegång för var och en. Rättegångarna begränsades således inte till de rödas ledare eller dem som var misstänkta för brott mot liv och egendom utan gällde alla. Lägren hade å andra sidan betydelse för de rödas säkerhet, så att de vita inte skulle vidta lokala okontrollerbara hämnd- och bestraffningsåtgärder under de upphetsade stämningar som rådde efter kriget. Förhören inleddes genast i mitten av maj, men domstolarna för statsförbrytelser som inrättats för rättegångarna kunde börja sin verksamhet först i slutet av juni.

I början var man tvungen att placera fångarna i mycket primitiva läger och i de tidigare ryska garnisonerna, eftersom man inte berett sig för ett så stort antal fångar. Förhållandena var bristfälliga. Speciellt förplägnaden var otillräcklig, eftersom det rådde svår livsmedelsbrist i hela landet. Också farsoter började kräva offer. Under några månader dog 11800-12500 människor i fånglägren. En stor del dog av svält. Många fångar frigavs under sommaren 1918, men ännu i september fanns 23000 personer kvar.

Vid rättegångarna dömdes 1729 personer för högförräderi eller landsförräderi och 6441 för statsförbrytelser. För medhjälp till ifrågavarande brott dömdes 51513 personer. För mord dömdes 621 och för rån 1962 personer. Sammanlagt avkunnades 555 dödsdomar, av vilka 265 verkställdes. En stor del av domarna bestod av 1-3 års tukthusstraff, vilka i allmänhet förklarades villkorliga. Av denna anledning slapp 39400 personer bort från fånglägren strax efter att dom hade avkunnats.

Det mycket stora antalet fångar, den tid som undersökningarna oundvikligt tog, samt rädslan för ett nytt uppror, som de förra röda ledarna som flytt till Ryssland hotade med fördröjde en snabb upplösning av fånglägren.

Fångarnas förhållanden förbättrades förhållandevis snabbt. En del fångar som avtjänat sitt straff med anledning av kriget var ändå ännu på 1940- talet i tvångsarbete. Speciellt lidandena under fånglägrens första skeden och i mångas tycke de orättvisa domarna glömdes inte så lätt.