Talvisota
Talvisodassa pioneeriyksiköiden tärkein tehtävä oli panssari- ja jalkaväkimiinoitteiden rakentaminen hyökkäävien neuvostojoukkojen torjumiseksi ja hidastamiseksi. Miinoja oli kuitenkin vain pieni osa edes välttämättömimmästä tarpeesta. Ennen talvisotaa ei ollut otettu riittävästi huomioon sitä, kuinka tehokas ja halpa keino hyvin suunniteltujen ja valvottujen miinoitteiden käyttö olisi ollut ylivoimaistakin hyökkääjää vastaan.
Miinojen puutteen johdosta joukot valmistivat myös itse erilaisia ansoituksia ja omatekoisia miinoja. Paksu lumi vaati miinoitteiden rakentamisessa monin paikoin erikoisjärjestelyjä. Pioneerijoukoilta puuttui miinojen lisäksi suuri osa myös muusta tarpeellisesta välineistöstä. Vain tavallisia työkaluja oli yleensä riittävästi.
Talvisodan aikana pioneerijoukkoihin kuuluneet aurausosastot olivat kovan työpaineen alaisina. Tienkorjaus- ja sillanrakennuskomppaniat joutuivat päätehtävänsä lisäksi osallistumaan myös esimerkiksi kiviesteiden rakentamiseen. Linnoittaminen kuului kaikille joukoille, mutta vaativimpiin linnoitustöihin käytettiin rakentajayksiköitä.
Jatkosota
Välirauhan aikana pioneeriaselajin organisaatioita tarkistettiin ja pioneerien määrää joukkojen kokoonpanoissa lisättiin talvisodan 11 000:sta 20 000:een. Varsinaisiin pioneerijoukkoihin kuuluivat pioneeripataljoonat ja -kolonnat, silta- ja aurauskomppaniat sekä erilliset valonheitinryhmät. Myöhemmin valonheitinryhmät ja -joukkueet korvattiin iskuosastotoimintaan koulutetuilla jääkäripioneerijoukkueilla. Niiden varustukseen kuului esimerkiksi liekinheittimiä. Pioneerityöjoukot koostuivat tienhoito-, tienrakennus- ja sillanrakennuskomppanioista. Talvisodan aikaisia materiaalipuutteita pyrittiin poistamaan hankkimalla erityisesti panssarimiinoja. Esimerkiksi pioneerien tarvitsemia työkoneita pystyttiin kuitenkin hankkimaan vain puolet vähimmäistarpeesta.
Jatkosodan hyökkäysvaiheessa kesällä ja syksyllä 1941 pioneerien tärkein tehtävä oli aluksi miinoitteiden ja murrosteiden raivaus. Hyvin erikoista oli Säkkijärven polkan soittaminen radiossa yhtä mittaa useita vuorokausia peräkkäin. Sotilaat ihmettelivät tämän tarkoitusta. Vasta jälkeenpäin heille selvisi, että tällä estettiin venäläisten suurten radiomiinojen laukaisu. Niillä oli tarkoitus tuhota tärkeitä kohteita suomalaisten takaisin valtaamassa Viipurissa. Miinojen raivaamisen lisäksi pioneerit osallistuivat pesäkkeiden ja korsualueiden tuhoamiseen Pioneerit järjestivät heinäkuun lopulla Karjalan kannaksen itäosissa Vuoksen ylimenon aluksi syöksy- ja kumiveneillä sekä ruuhilla. Raskas kalusto kuljetettiin moottoriponttonilautoilla. Muut vaativat vesistön ylitykset tapahtuivat elokuussa Viipurinlahden ja syyskuussa Laatokan koillispuolella vuolaan Syvärin virran yli.
Kun hyökkäys oli pysäytetty joukoille käskettyihin tavoitteisiin, pioneerit jatkoivat omassa selustassa olevien miinoitteiden raivausta ja ryhtyivät rakentamaan lujia puisia kenttäsiltoja aluksi ponttonien varaan rakennettujen siltojen tilalle. Esimerkiksi Syvärin yli rakennettiin kuusi siltaa, joista suurin oli 507 metriä pitkä.
Asemasodan aikana pioneeritoiminta oli lähinnä kenttälinnoittamista, selustan rakennustoimintaa, kenttäteollisuutta ja miinoittamista. Pioneerit tekivät etulinjan joukoille korsun kehikoita, lankkuja ja lautoja. He osallistuivat myös asevelitalojen rakentamiseen Karjalaan palanneelle siirtoväelle. Miinoittaminen keskittyi puolustusasemien etuosiin. Esimerkiksi Karjalan kannakselle asetettiin yli 100 000 jalkaväki- ja panssarimiinaa. Talvisin rakennettiin laajoja jäämiinakenttiä Laatokalle ja Suomenlahdelle.
Vetäytymisvaiheessa kesällä 1944 erityisesti panssarimiinoitteilla oli monin paikoin suuri merkitys. Myös siltojen räjäyttämisellä pystyttiin hidastamaan hyökkäävää vihollista tehokkaasti. Räjäytysten oikea-aikainen toimeenpano oli tärkeää, koska viimeistenkin omien vetäytyvien joukkojen oli päästävä siltojen yli juuri ennen vihollista. Pioneerit osallistuivat taisteluihin myös jalkaväkenä esimerkiksi Talin-Ihantalan ja Vuosalmen suurtaisteluissa.
Lapin sota
Noin puolet maavoimien pioneerijoukoista osallistui Lapin sotaan syksystä 1944 lähtien. Sota vaati pioneereilta suuria ponnistuksia. Saksalaiset olivat miinoittaneet ja murrostaneet perusteellisesti tiet ja niiden penkereet. Sillat oli tuhottu. Pioneerit raivasivat miinoja, korjasivat tuhottuja ja sateen pehmentämiä teitä, kuljettivat joukkoja vesistöjen yli ja rakensivat siltoja. Jo sodan ensimmäisen kuukauden aikana raivattiin yli 16 000 miinaa. Miinojen raivaus jatkui vielä vuosia sodan jälkeen.