Sodan kestäessä senaatissa kypsyi päätös siitä, että kaikki punaisten toimintaan osallistuneet oli asianmukaisesti tutkittava, asetettava syytteeseen ja tuomittava. Syytteen perustana olisivat väkivallantekojen ja muiden rikosten lisäksi ryhtyminen laillista esivaltaa vastaan sekä maanpetoksellinen yhteistyö venäläisten kanssa.
Sodan päätyttyä oli hallituksen joukoilla noin 80 000 punaista vankia, joukossa paljon naisia. Vankeja ei päästetty kotiin, vaan he joutuivat odottamaan jokaista erikseen koskevaa oikeudenkäyntiä. Oikeudenkäynnit eivät siis rajoittuneet punaisten johtajiin tai henki- ja omaisuusrikoksista epäiltyihin vaan koskivat kaikkia. Leireillä oli merkitystä toisaalta punaisten turvallisuuden kannalta, niin että sodan jälkeisten kiihkeiden mielialojen vallitessa valkoiset eivät ryhtyisi paikallisiin hallitsemattomiin kosto- ja rankaisutoimenpiteisiin Tutkinnat aloitettiin heti toukokuun puolivälissä, mutta oikeudenkäyntejä varten perustetut valtiorikosoikeudet pystyivät aloittamaan toimintansa vasta kesäkuun loppupuolella.
Vangit jouduttiin sijoittamaan aluksi hyvin alkeellisiin leireihin ja entisiin venäläisiin varuskuntiin, sillä suuriin vankimääriin ei ollut varauduttu. Olot olivat puutteellisia. Erityisesti muonitus oli riittämätöntä, sillä koko maassa oli vaikea elintarvikepula.. Myös taudit alkoivat vaatia uhreja. Vankileireillä kuoli muutamassa kuukaudessa 11 800-12 500 ihmistä. Suurin osa menehtyi nälkään. Monet vangit pääsivät pois leireiltä kesän 1918 aikana mutta vielä syyskuussa leireillä oli 23 000 henkilöä.
Oikeudenkäynneissä tuomittiin 1729 henkilöä valtiopetoksesta tai maanpetoksesta ja 6 441 valtiorikoksesta. Avustuksesta kyseisiin rikoksiin tuomittiin 51 513 henkilöä. Murhista tuomittiin 621 ja ryöstöistä 1962 henkilöä. Yhteensä langetettiin 555 kuolemantuomiota, joista 265 pantiin täytäntöön. Suurin osa tuomioista oli 1-3 vuoden kuritushuonerangaistuksia, jotka määrättiin yleensä ehdollisina. Tästä johtuen 39 400 henkilöä pääsi pois vankileireiltä pian tuomion julistamisen jälkeen.
Vankileirien nopeata purkamista hidasti vankien hyvin suuri määrä, tutkimusten välttämättä viemä aika sekä pelko uudesta kapinasta, jolla Venäjälle paenneet entiset punaisten johtajat uhkailivat.
Vankien olot kohenivat verrattain nopeasti. Jotkut sodan seurauksena rangaistustaan sovittaneet vangit olivat kuitenkin vielä 1940- luvulla pakkotöissä. Erityisesti vankileirien alkuvaiheiden kärsimykset ja monen mielestä epäoikeudenmukaiset tuomiot eivät unohtuneet helposti.