Kaukopartiotoiminnalla tarkoitetaan lähinnä päämajan johdossa tai sen käskemänä tapahtunutta partiotoimintaa syvällä vihollisen selustassa. Toimintaan osallistuivat ajoittain myös divisioonien ja muiden joukkojen erikseen kouluttamat ja varustamat osastot. Tehtävänä oli yleensä tiedustelu, mutta usein toimintaan liittyivät myös tuhoamis- ja häirintätehtävät.
Jo ennen talvisotaa tekivät lukuisat pienet partiot tiedustelumatkoja rajan taakse. Tiedustelun kohteina olivat ennen kaikkea Neuvostoliiton puolella käynnissä olleet suuret metsätyöt ja niihin liittyneet laajat maanteiden ja rautateiden rakennustyöt. Näistä oli Suomen yleisesikunta luonnollisesti hyvin kiinnostunut.
Talvisodan aikana ei ehditty toteuttaa varsinaista kaukopartiotoimintaa, mutta sen aikana luotiin edellytykset välirauhan ajan kaukopartiokoulutukselle ja jatkosodan kaukopartio-toiminnalle. Välirauhan aikana koulutettiin noin 150 miestä kaukopartiotoiminnan eri tehtäviin. Koulutusaiheita olivat esimerkiksi Neuvostoliiton aseiden ja joukkojen tuntemus, havaintojen teko ja sissitaidot, kartanluku ja suunnistus sekä venäjänkieliseen karttamateriaaliin perehtyminen. Tärkeää oli tulevaa toimintaa ajatellen se, että keväällä 1940 aloitettiin partioradistien koulutus. Osalle koulutettavista partiomiehistä järjestettiin keväällä 1941 laskuvarjohyppykurssi. Partiotiedustelu oli jatkuvaa koko välirauhan ajan. Erityisen tärkeää oli selvittää Neuvostoliiton mahdolliset hyökkäysvalmistelut Suomen suuntaan. Karjalan kannaksella oli yleensä jatkuvasti kaksi tiedustelijaa tätä varten.
Jatkosodan hyökkäysvaiheessa kaukopartiot antoivat ensiarvoisen tärkeitä tietoja tiestöstä, varustetuista puolustuslinjoista sekä vihollisen joukkojen määrästä ja laadusta. Rautatieliikenteen häirintä hidasti eräissä tapauksissa merkittävästi vihollisen kuljetuksia.
Asemasodan aikana kaukopartiotoiminnan organisointi vakinaistettiin siten, että 1.7.1943 perustettiin päämajan johtoon kaukopartiotoiminnan johtoporras Erillinen Pataljoona 4 ( ErP 4 ). Siihen tuli kuulumaan neljä komppanian tasoista alajohtoporrasta, joilla oli alueellinen toimintavastuu eri rintamansuunnilla. Jokainen näistä osastoista on saanut paljon mainetta teoistaan. Osastot nimettiin johtajiensa mukaan. Ne olivat etelästä lukien Osasto Vehniäinen, Osasto Kuismanen, Osasto Marttina ja Osasto Paatsalo.
Kaukopartiot olivat usein kesäaikana hyvin pieniä, jos kyseessä oli vain tiedustelutehtävä. Talvella latujen avaaminen vaati aina suuremman osaston. Jos kyseessä oli tuhoamistehtävä oli joukon oltava huomattavasti suurempi. Suomalaiset tuhosivat jatkosodassa kaksi suurta neuvostoliittolaista huoltokeskusta. Osastot olivat silloin sadan ja yli viidensadan miehen vahvuisia. Jälkimmäinen osasto oli koottu pääasiassa tavanomaisesta jalkaväestä. Muurmannin rata katkaistiin useita kertoja, tammikuussa 1942 jopa lähes 1300 miehen osastolla. Radalta suistettiin partioretkien yhteydessä kymmeniä junia, joista osa kuljetti Muurmanskin kautta amerikkalaisia ja englantilaisia aseita Neuvostoliittoon. Hyvin erikoinen oli suomalaisten ja saksalaisten kaukopartioiden yhdessä kesällä 1942 kolmellakymmenellä kahden hengen kanootilla vesistöjä pitkin Muurmannin radalle tekemä hävitysretki.
Kaukopartioiden miehistö oli kokonaisuudessaan tehtävään erikseen valittua joukkoa. Hyvä fyysinen kunto ja henkinen kestävyys sekä aseen käsittelytaito olivat ehdottomia vaatimuksia. Monien partiomatkojen aikana miehet joutuivat äärimmäisiin rasituksiin yritettäessä välttää vihollisen takaa-ajo-osastoja tai taistelussa niiden kanssa. Yhdenkin kaukopartiomiehen haavoittuminen saattoi aiheuttaa tehtävän suorituksen keskeyttämisen tai koko osaston tuhon. Vihollisen takaa-ajo-osastojen välttäminen ja niiden harhauttaminen vaativat taitoa ja oveluutta. Partiomatka saattoi kestää viikkoja ja eräässä tapauksessa jopa lähes kaksi kuukautta. Paluu omalle puolelle rintaman läpi oli monesti vaikeaa.
Kaukopartiomiehet joutuivat kantamaan mukanaan suuren määrän muonaa, ampumatarvikkeita ja usein myös räjähteitä. Aseena oli yleensä Suomi-konepistooli. Täydennykset tapahtuivat kätköistä tai lentokoneiden laskuvarjopudotuksilla. Myös partioiden kuljetus toiminta-alueelleen ja nouto takaisin tapahtui usein lentokoneella. Laskuvarjohyppyjä vihollisen alueelle tapahtui vain harvoin.
Jatkosodan kaukopartiotoiminnan onnistumisen kannalta oli olennaisen tärkeää se, että partioilla oli käytettävissä uusi juuri tähän toimintaan kehitetty sähkötysradio, Kyynel. Nimi johtui siitä, että radiota pidettiin aluksi yhtä salassa kuin pontikan keittäjien ” korpikuusen kyyneliä”. Radiolla pystyttiin viestittämään salattuna nopeasti tärkeimmät tiedustelutiedot. Omassa selustassa olleet kuunteluasemat seurasivat jatkuvasti vihollisen radioliikennettä. Usein tämä paljasti vihollisen takaa-ajo-osastojen toiminnan ja kaukopartioiden etenemissuuntaan järjestetyt väijytykset. Moni kaukopartio välttyi tuholta hyvin järjestetyn radiotoiminnan ansiosta. Kaukopartioilla oli mukanaan myös Töpö-vastaanottimet, joilla kuunneltiin yleisradiota. Usein kaikkien kuultavissa ollut harmiton tiedonanto tai terveisten lähettäminen sukulaisille sisälsi jollekin partiolle osoitetun salatun ja monesti elintärkeän tiedon, käskyn tai ohjeen.
Suomalaisten kaukopartiotoiminta sitoi huomattavan määrän vihollisen voimia selustan varmistustehtäviin. Toteutetut hävitystehtävät haittasivat vihollisen toimintaa. Kaukopartioiden tärkein merkitys oli kuitenkin niiden antamissa tiedustelutiedoissa, joista osa vaikutti suoranaisesti eri johtoportaiden päätöksiin. Toiminnan suurta arvoa kuvaa osaltaan se, että yhteensä 19 kaukopartiomiestä nimitettiin Mannerheim-ristin ritariksi. Määrä on todella suuri, kun otetaan huomioon ritarien hyvin pieni kokonaismäärä, vain 191 sotilasta. Partiomiehistä kahdeksan oli Päämajan kaukopartioiden ja yksitoista eri divisioonien ja muiden joukkojen miehiä. Kaukopartiomiesten tappiot olivat raskaat. Pelkästään Päämajan kaukopartioista kaatui 86 miestä. Eräät partiot tuhoutuivat kokonaan. Näin tapahtui muun muassa ErP4:n johdossa toimineelle virolaiselle 13 miehen partiolle lokakuussa 1942.